La chiesa è intitolata a Santo Stefano in quanto il sito religioso era stato originariamente occupato dai frati benedettini di Santo Stefano di Genova, in pieno Medioevo.
Nel XIII secolo sorgeva nei pressi anche il palazzo dell’arcivescovo di Genova, allora signore di Sanremo. Con il passaggio della città ai Doria e De Mari e quindi al Comune di Genova (dalla fine del XIII al XIV sec.), i Benedettini lasciano Sanremo.
L’area viene controllata dal Comune, fino al 1624, quando si autorizza l’arrivo dei Gesuiti. Si ricostruisce così la chiesa, cui si annette il convento con pensionato, scuole e biblioteca. Notevole è l’intervento decorativo del ticinese Marco Antonio Grigo dal 1679. La facciata viene completata nel XVIII secolo. In chiesa si trovano due importanti cappelle laterali. A sinistra quella della famiglia Borea: altare barocco in tarsia marmorea con colonne tortili, volta dipinta attorno al 1695 con la Gloria di Sant’Ignazio. A destra si incontra la cappella Palmari: altare marmoreo seicentesco e tela la Vergine con il Bambino, San Francesco e Sant’Anna, opera di un importante pittore genovese, Domenico Piola (1628-1703), coadiuvato dal figlio Anton Maria. Infine nel presbiterio è conservato un dipinto che doveva essere quello principale della chiesa, dal 1672.
In quell’anno il Consiglio comunale di Sanremo aveva deciso l’acquisto di questa copia della Lapidazione di Santo Stefano, celebre opera di Giulio Romano, datata al 1532 e conservata nella chiesa di Santo Stefano di Genova.